本课程是环境工程专业的主要专业基础课之一。 课程主要任务是使学生掌握以细菌为主的各种微生物的形态结构，营养、代谢、生长繁殖等内容，同时掌握微生物的生态，微生物在环境工程中的应用和空气与水的微生物检验和控制。课程主要讲述环境工程中的污（废）水及有机固体废物生物处理和水体、土壤及大气污染与自净过程中涉及到的、学生必须掌握的微生物学知识，以及饮用水卫生细菌学及其检验。内容包括细菌、放线菌、蓝绿细菌、酵母菌、霉菌、原生动物、微型后生动物及藻类的形态、大小、细胞结构与功能；微生物生理（营养与呼吸）；微生物与环境因素的关系；微生物的生长繁殖、遗传与变异；微生物生态基础知识以及微生物实验技术。